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談?wù)劅晒舛縋CR的CT值

作者: 編輯: 來源: 發(fā)布日期: 2023.08.02
信息摘要:
     熒光定量PCR(qPCR)是一種基于PCR技術(shù)的方法,通過利用熒光信號(hào)來定量分析樣品中的DNA或RNA 分子的數(shù)量。由于其高靈敏度…

     熒光定量PCR(qPCR)是一種基于PCR技術(shù)的方法,通過利用熒光信號(hào)來定量分析樣品中的DNA或RNA分子的數(shù)量。由于其高靈敏度、高精確度和高通量性,qPCR已成為分子生物學(xué)研究和醫(yī)學(xué)研究的重要工具。

  在qPCR實(shí)驗(yàn)中,Ct值是一個(gè)關(guān)鍵的指標(biāo)。Ct值即Cycle Threshold,表示擴(kuò)增產(chǎn)物熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定的熒光閾值時(shí)所對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。簡單地說,Ct值代表了起始模板擴(kuò)增達(dá)到一定產(chǎn)物量時(shí)的循環(huán)數(shù)。

  Ct值的設(shè)定是通過設(shè)定熒光閾值來實(shí)現(xiàn)的。在PCR擴(kuò)增過程中,熒光信號(hào)隨著擴(kuò)增產(chǎn)物的積累而增加。當(dāng)熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定的閾值時(shí),即說明擴(kuò)增產(chǎn)物達(dá)到了“一定產(chǎn)物量”。此時(shí)的循環(huán)數(shù)被定義為Ct值。需要注意的是,Ct值需要處于指數(shù)擴(kuò)增階段,即擴(kuò)增量仍呈指數(shù)增加的階段。

qpcr

   Ct值與起始模板量存在關(guān)聯(lián)。根據(jù)擴(kuò)增原理,在PCR指數(shù)擴(kuò)增過程中,擴(kuò)增產(chǎn)物量與循環(huán)數(shù)之間滿足以下關(guān)系:擴(kuò)增產(chǎn)物量=起始模板量×(1+En)^循環(huán)數(shù),其中En代表效率。由此可見,Ct值與起始模板量的關(guān)系是線性的。起始模板量濃度越高,Ct值越?。黄鹗寄0辶繚舛仍降?,Ct值越大。

  熒光定量PCR的Ct值在qPCR分析中起著重要的作用。它被廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)差異分析、基因拷貝數(shù)測定以及病原體檢測等領(lǐng)域。在基因表達(dá)差異分析中,Ct值可以反映目標(biāo)基因在不同樣品中的表達(dá)水平差異。通過比較不同樣品的Ct值,可以評(píng)估目標(biāo)基因的相對(duì)表達(dá)量。在基因拷貝數(shù)測定中,Ct值可以用來推測樣品中某種基因或DNA序列的拷貝數(shù)。在病原體檢測中,Ct值與病原體數(shù)量之間存在著一定的關(guān)系,通過Ct值可以初步判斷樣品中是否存在目標(biāo)病原體。

   Ct值的重現(xiàn)性也是一個(gè)重要的指標(biāo)。重現(xiàn)性是指在不同實(shí)驗(yàn)條件下或同一實(shí)驗(yàn)條件下的重復(fù)實(shí)驗(yàn)中,得到的Ct值是否穩(wěn)定且一致。良好的重現(xiàn)性對(duì)于數(shù)據(jù)的可靠性和可信度至關(guān)重要。一般情況下,復(fù)孔Ct值的差值最好不超過0.05,如果差值超過0.05,說明誤差較大,結(jié)果不可信。

   Ct值的重現(xiàn)性與實(shí)驗(yàn)條件的穩(wěn)定性有關(guān)。在PCR早期,擴(kuò)增處于理想狀態(tài),循環(huán)數(shù)較少,產(chǎn)物積累少,熒光信號(hào)與本底背景信號(hào)之間的差異較小。隨著擴(kuò)增的進(jìn)行,熒光信號(hào)逐漸增加,進(jìn)入指數(shù)增長階段。在這個(gè)階段,微小誤差還沒有被放大,因此Ct值的重現(xiàn)性非常好。即使是同一模板在不同時(shí)間或者同一時(shí)間內(nèi)不同管內(nèi)進(jìn)行擴(kuò)增,得到的Ct值也是相對(duì)穩(wěn)定的。

   為了提高Ct值的重現(xiàn)性,實(shí)驗(yàn)中需要控制各種因素的影響。例如,實(shí)驗(yàn)操作的一致性非常重要,包括試劑的配制和使用、實(shí)驗(yàn)儀器的準(zhǔn)備和操作等。此外,樣品的質(zhì)量也會(huì)對(duì)Ct值的重現(xiàn)性產(chǎn)生影響。因此,在實(shí)驗(yàn)中應(yīng)嚴(yán)格控制樣品的提取、儲(chǔ)存和處理。同時(shí),合理設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案,包括引物與探針的選擇、擴(kuò)增條件的優(yōu)化等,也可以提高Ct值的重現(xiàn)性。

     總之,Ct值在qPCR實(shí)驗(yàn)中扮演著關(guān)鍵角色,它反映了起始模板擴(kuò)增達(dá)到一定產(chǎn)物量時(shí)的循環(huán)數(shù)。Ct值的設(shè)定需要處于指數(shù)擴(kuò)增階段,與起始模板量存在線性關(guān)系。Ct值被廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)差異分析、基因拷貝數(shù)測定和病原體檢測等領(lǐng)域。熒光定量PCR為了保證Ct值的可靠性和重現(xiàn)性,實(shí)驗(yàn)中需要嚴(yán)格控制各種因素的影響,包括實(shí)驗(yàn)操作的一致性和樣品的質(zhì)量控制。


【參考文獻(xiàn)】

1. Bustin SA, et al. The MIQE guidelines: Minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments.Clin Chem. 2009; 55(4):611-22.

2. Heid CA, et al. Real time quantitative PCR. Genome Res. 1996; 6(10):986-94.

3. Strausberg RL. et al. The Cancer Genome Anatomy Project: Online resources to reveal the molecular signatures of cancer. Cancer Invest. 2001; 19(8):815-26.



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