生物發(fā)酵其實也是生物氧化的一種方式，根據(jù)生物自身所具有的反應(yīng)機制，可以在特定部位專門且高選擇性地氧化、還原等復(fù)雜化合物，也可以生成相對復(fù)雜的高分子化合物。在生物發(fā)酵工程中預(yù)防和治療雜菌污染非常重要。在使用生物發(fā)酵設(shè)備時需要進行嚴格的消毒處理和空氣過濾，發(fā)酵反應(yīng)要在無菌的環(huán)境下進行作業(yè)。細菌受到污染不僅會造成生產(chǎn)上的巨大經(jīng)濟損失，感染的細菌也會對發(fā)酵產(chǎn)生很大危害。所以維持無菌狀態(tài)是發(fā)酵成功的關(guān)鍵。菌種是微生物發(fā)酵的基本，一般利用發(fā)酵罐通過菌種篩選和變異可以得到高產(chǎn)優(yōu)良菌種，充分利用生物發(fā)酵設(shè)備，可以得到傳統(tǒng)方法難以生產(chǎn)的生物制品。市場中根據(jù)投資性價比來說，工業(yè)發(fā)酵行業(yè)具有投資較少，效果較快的特點，在技術(shù)條件成熟的情況下，一般會后獲得較高的經(jīng)濟效益。

因此，近些年來，工業(yè)發(fā)酵及生物發(fā)酵工程越來越引起人們的廣泛關(guān)注。現(xiàn)代發(fā)酵工程工藝技術(shù)與以往的相比，也有著很大的改善，除了應(yīng)用微生物進行發(fā)酵以外，目前還可以使用動植物細胞、酵素，來培養(yǎng)制作菌種發(fā)酵。當(dāng)然，現(xiàn)代生物發(fā)酵工程技術(shù)采用的生物發(fā)酵設(shè)備不僅僅是通常的發(fā)酵罐，還被各種各樣的生物反應(yīng)器所代用。自動化的連續(xù)性普遍較高，這也是發(fā)酵工藝技術(shù)水平上的一種革新。目前的發(fā)酵類型也逐漸呈現(xiàn)多樣化，由先前的技術(shù)含量較低的固體發(fā)酵到現(xiàn)在的深層液體發(fā)酵。比如：抗生素發(fā)酵、氨基酸發(fā)酵、維生素發(fā)酵等利用微生物發(fā)酵特征或微生物發(fā)酵反應(yīng)產(chǎn)物所進行的深層發(fā)酵技術(shù)。

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